• Viện Pasteur Hà Nội: 1925-1945

• Viện Vi trùng học (1945-1946): Theo Sắc lệnh luật số 41 ngày 03 tháng 10 năm 1945 của Chủ tịch Hồ Chí Minh.

• Viện Pasteur Hà Nội:1946-1957

• Viện Vi trùng học: 1957-1961

• Viện Vệ sinh Dịch tễ học Hà Nội (1961-1998): Theo Quyết định số 291/BYT-QĐngày 25 tháng 3 năm 1961 của Bộ trưởng Bộ Y tế về việc sát nhập Viện Vi trùng và Viện Vệ sinh thành Viện Vệ sinh Dịch tễ học.

• Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương (1998- nay): Theo Quyết định số 230/1998/QĐ-TTg ngày 30 tháng 11 năm1998 của Thủ tướng Chính phủ về việc sắp xếp các cơ quan nghiên cứu triển khai khoa học và công nghệ thuộc Bộ Y tế.